Uma vez feito isso, os pesquisadores começaram a examinar os genomas de espécies que foram identificadas como quebrando contaminantes industriais. A quebra de moléculas complexas geralmente envolve mais de uma enzima, e os genes para essas enzimas tendem a acabar agrupados, para que possam ser produzidos como um único RNA grande que codifica todas as proteínas necessárias. Isso simplifica a regulação de sua produção, facilitando a garantia de garantir que as bactérias apenas façam as proteínas se a molécula que eles quebram estiverem realmente presentes. Nesse caso, os clusters variaram de apenas três genes até 11.
Uma vez identificados nove desses aglomerados de genes, o DNA que os codifica foi ordenado e montado em uma única molécula de DNA em leveduras. Os pesquisadores levaram algum tempo ao ordenar esse DNA para otimizar melhor os genes para serem ativos e produzir proteínas em Vibrio Natriegensem oposição a qualquer espécie que os genes fossem normalmente usados.
Do fermento, cada um desses grupos de genes individuais foi inserido em Vibrio Natriegens. (Alguns dos nove clusters têm como alvo o mesmo contaminante.) Cada uma dessas cepas bacterianas foi então colocada em uma solução com o produto químico que eles foram projetados para digerir. Cinco dos nove funcionaram, dando aos pesquisadores cepas que poderiam digerir bifenil, fenol, nantaleno, DBF e tolueno.
Bom, mas limitado
A partir daí, os pesquisadores desenvolveram um sistema que os permitiria inserir iterativamente um novo cluster de genes na extremidade traseira de um cluster de genes anteriormente inserido. Isso lhes permitiu criar um cluster de clusters, incluindo os cinco que mostraram atividade nos testes anteriores. Dados dois dias, essa única cepa pode remover cerca de um quarto do fenol, um terço do bifenil, 30 % do DBF, todo o naftaleno e quase todo o tolueno.